Rain Phoenix, Arlyn ve John Bottom çiftinin ikinci çocuğu ve ilk kızıdır. Küçük yaşta kardeşi River Phoenix ile birlikte Güney Amerika sokaklarında şarkı söyleyerek büyüyen aileleri için para kazanmaya başladılar. Yıllar geçtikçe Rain, erkek kardeşi Joaquin ve kız kardeşi Liberty'ye ablalık yapmaya başladı. Arlyn, Rain'in en küçük kız kardeşi Summer'a hamileyken, Bottom ailesi Amerika Birleşik Devletleri'ne geri dönüyordu ve yeni başlangıçlarını anmak için isimlerini 'Phoenix' olarak değiştirdiler. Doğa ve hayvan sevgisiyle Phoenix'ler vegan olmaya karar verdiler. Kısa bir süre sonra, beş yetenekli Phoenix çocuğu da menajer Iris Burton ile anlaştı. Rain yıllar içinde Julia Stiles, Josh Hartnett ve Uma Thurman gibi ünlülerle birlikte rol aldı. Müzik sevgisi, kardeşi River'ın da içinde bulunduğu Aleka's Attic, kız kardeşi Summer ile The Causey Way ve kocası Michael Tubbs ile grubu The Paper Cranes gibi gruplarda yer almasına yol açtı. Ayrıca 1996 yılında Red Hot Chilli Peppers'ın 'One Hot Minute' turnesi sırasında geri vokalist olarak turneye çıktı. Michael Stipe'ın iyi bir arkadaşı olan ikili, birçok projede (Happiness filminin müziği ve birkaç REM şarkısı dahil) birlikte çalışmıştır.