Geleceğin vahşi derecede fütüristik ve amansız dünyasındayız. Ahlaki değerlerdeki çöküş hat safhada. Uzun bacaklı, deri kostümlü seksi kahramanımızın adı Aeon Flux. O bir casus, o bir katil, o baştan çıkarıcı bir Monica ajanı! Monica mı? Dev bir duvarla çevrili Bregna'yı yöneten Goodchild hanedanını devirmeye çalışan gizli bir örgüt.Güç delisi diktatör Trevor Goldchild tarafından demir yumrukla yönetilen Bregna. Halkının her ihtiyacını fazlasıyla karşılasa da, onlara özgürlüğü çok gören Trevor'un Aeon ile arasında anlaşılmaz bir aşk-nefret ilişkisi var.

Aeon Flux: Gelecek Flux'ta

Çaylak gazeteci Vivian, belirsiz bir ülkedeki en eski mezarlığın bekçisi Frederick'i arayarak röportaj yapmak ister ve yaşlı adam, her ikisi de gizemli bir sırla birbirine bağlı olan iki "müşterinin" hikayesini anlatır. Güçlü gangster Jimmie Levinson, eski ortağı Paul Pattuchi'yi bir miktar kokain çalmakla suçlar ve sevgili kız arkadaşı Clarice'i öldürmesini emreder. Paul daha sonra bir kulübede ölü bulunur ve Jimmie ile arkadaşları ve kız arkadaşları bir akşam yemeği sırasında önce Robert Downing, ardından da sadist Mortimer ve ortağı Rick tarafından ziyaret edilerek Paul hakkındaki gerçeği ve içinde gizemli bir kalıntı bulunan bir bavulu aramaya başlarlar. İkinci hikâye Orta Çağ'da geçmektedir; zalim David Deming ve yardakçısı Tom Brewster, Engizisyon adına hain rahip James Flynn'i kovalamakta, ancak aslında onu ölümsüzlük sağlayacak Ebedi Kalp'in sırrını açıklamaya zorlamaya çalışmaktadır.