Sorunlar yaşayan FBI ajanları Fox Mulder ile Dana Scully, başlarına gelen en tehlikeli tehditle karşı karşıya kalırlar. Dünya dışı kaynaklı olduğu düşünülen bir virüs dünyadaki yaşamın tamamını yok etmek üzeredir. Mulder ve Scully, doktor Alvin Kurtzweil'ın da yardımlarıyla dünyadaki canlı yaşamını kurtarmak için bir an önce harekete geçmelidir.

Gizli Dosyalar: Gelecekle Savaş

Yozlaşmış sağcı bir milis grubu, ordusu için klonlanacak ideal örnek olarak Kaliforniyalı bir öğretmeni seçer.