Vatikan bir iddiayı araştırmak üzere Brezilya'nın bir köyüne bir rahip Andrew Kiernan'ı ( Gabriel Byrne) gönderir. İddiaya göre, bir İsa heykelinin gözlerinden kan akmaktadır. Rahip iddiaları araştırıken, aynı anda Amerikanın bir bir şehrinde başka bir ilginç olay gelişir: Frankie Paige isimli bir kadının (Patricia Arquette) vücudunda garip yaralar ortaya çıkar. ve Stigmata teşhisi konur.. İsa zamanından günümüze bir takım mesajlar gelmektedir. Rahip iki olayı biribiriyle ilişkilendirip araştırırken bu arada 1900 yıllık inancını sorgular.