Aksiyon/macera türünün en üretken senaristlerinden biri, Jonathan, kariyerine "The World" dizisinin bölümlerini yazarak başladı. The Young Indiana Jones Chronicles (1992) George Lucas ve ABC için. Şöyle yazmıştı Zor Ölüm 3: Zeka Öcünü Alıyor (1995), Orijinal senaryosu "Simon Says"'dan yeniden tasarlandı. O takip etti Jumanji (1995) ile. Onun senaryosu Aziz (1997) tamamen başkaları tarafından yeniden yazıldı. Bu hayal kırıklığından sonra, uzun bir çalışma döneminin tadını çıkardı. yapımcı ile dostluk Jerry Bruckheimer ile birlikte 1996'dan beri birçok projede işbirliği yaptı. Bütün senaryoyu yeniden yazdı. Kaya (1996) için kredi olmadan, WGA tahkimi yoluyla umutsuzca elde etmeye çalıştı. Con Air (1997) ve yeniden çevrimi 60 Saniye (2000) ve her ikisinde de yönetici yapımcı kredisi aldı. Armageddon (1998), Jonathan'ın orijinal fikir, Jonathan'ın ikinci kez en yüksek hasılat elde ettiği film oldu. film, dünya çapında, gişede. Diğeri ise Zor Ölüm 3: Zeka Öcünü Alıyor (1995).