John Stones, 9 Ağustos 2016 tarihinde Everton'dan Manchester City'ye katıldı. İngiltere'nin uluslararası savunma oyuncusu, kendisini en az 2022 yılına kadar Etihad Stadyumu'nda tutacak altı yıllık bir anlaşma imzaladı. Stones, İlkay Gündoğan, Nolito, Aleksandar Zinchenko, Aaron Mooy, Leroy Sane, Gabriel Jesus ve Marlos Moreno'nun ardından City'nin 2016 yaz transfer dönemindeki sekizinci transferi oldu.Dünyanın en gelecek vaat eden stoperlerinden biri olarak kabul edilen 22 yaşındaki oyuncu, Everton'da üç yıldan fazla bir süre geçirdi ve burada topla oynayan, 21. yüzyılın savunmacısı olarak ün kazandı; rakip atakları etkisiz hale getirmede olduğu kadar savunma üçgeninden ilk kilit pası atmada da aynı derecede becerikli.Stones İngiltere'yi U19, U20 ve U21 seviyesinde temsil ettikten sonra ilk uluslararası maçına 30 Mayıs 2014'te Wembley'de Peru'ya karşı kazanılan 3-0'lık dostluk maçında çıktı.3 Aslan adına ilk maçına Euro 2016 elemelerinin açılış maçında İsviçre karşısında çıktı ve Roy Hodgson'ın takımı deplasmanda 2-0 kazanarak mükemmel bir başlangıç yaptı ve John bu yaz finaller için kadroya dahil edildi.Memleketinin kulübü Barnsley'nin altyapısından yetişen Stones, Tykes formasıyla ilk profesyonel maçına 17 Mart 2011'de Reading karşısında çıktı ve Güney Yorkshire ekibinde toplam 28 maça çıktı.Profesyonel basamaklardaki bu ilk adımlarında yaşının ötesinde bir olgunluk sergileyen Stones, Everton'ın 2013 Ocak transfer döneminin son gününde onu beş buçuk yıllık bir anlaşmayla kadrosuna katmasını sağladı.28 Ağustos 2013'te Stevenage'a karşı kazanılan Lig Kupası maçında forma giyen Stones, bir ay sonra Chelsea'ye karşı kazanılan 1-0'lık galibiyette yedek soyunarak Premier Lig'de ilk kez Toffees forması giydi.Bu, 2013/14 sezonunda yer aldığı 26 maçtan biriydi ve 2014/15 sezonunda bundan iki tane daha fazla forma giydi ve ilk Premier Lig golünü Nisan 2015'te Manchester United'a karşı attı ve Avrupa'nın "Altın Çocuk" ödülüne aday gösterildiği bir sezonun sonuna doğru bu unvan yeni takım arkadaşı Raheem Sterling'e gitti.Stones Mavilerle ilk sezonunda sağlam bir performans sergiledi ve Leicester'a karşı geçirdiği sakatlık ilerleyişini sekteye uğratmadan önce ikinci sezonuna mükemmel bir formla başladı ve ardından İngiltere için uluslararası görevdeyken tekrar sakatlandı.