Kōdo Ikusei Lisesi, ayrıcalıklarla dolu bir okuldur. Bu okulda giyim, kuşam, saç tarzı, takılar vb... gibi konuların bir önemi yoktur. Her şey sizin yaratıcılığınıza bırakılmıştır. Ülkedeki en gelişmiş tesislere sahip olan Ikusei Lisesi'nin öğrencileri, üniversiteye girme ya da iş bulma konusunda neredeyse hiçbir zaman sıkıntı çekmemektedir. Kısacası bu lise tam da hayallerinizdeki gibidir. Tek bir farkla. Bu ayrıcalıklardan yalnızca en üstün öğrenciler faydalanmaktadır.rnKahramanımız Kiyotaka Ayanokōji da bu liseye kayıt olmak için başvuranlar arasındadır. Fakat dikkatsizliği yüzünden başarısız olarak "çöplerin sınıfı" olarak adlandırılan D sınıfına atılır. Ne var ki burada tanıştığı Suzune Horikit, Kikyō Kushida ve diğer iki öğrenciyle beraber Kiyotaka’nın durumu da yavaşça değişmeye başlayacaktır.

Youkoso Jitsuryoku Shijou Shugi no Kyoushitsu e

Edo döneminin sonlarıdır. Dünya ve Amanto adı verilen uzaylılar arasında bir savaş patlak vermiştir. Savaş sırasında pek çok samuray hayatlarını kaybetmiş ve savaşı Amanto'lar kazanmıştır. Hükümet artık Amanto'ların kontrolü altındadır ve Edo'yu istedikleri gibi yönetmektedirler. Ayrıca hükümet kılıç kullanımını da yasaklamıştır. Böylelikle artık samuraylara ihtiyaç yoktur. Sakata Gintoki, bu dönemde yaşayan eski bir samuraydır. Kagura adındaki Yato klanından bir kıza, Shinpachi adındaki gözlüklü bir çocukla ve Sadaharu adındaki kocaman köpekleri ile birlikte, Yorozuya adında bir dükkan işletmektedir. Yorozuyada her türlü işi ücret karşılışında yapıp kiralarını ödemeye çalışırlar. Bu grubun başına gelen bazen komik, bazen hüzünlü ve bazen de macera ve aksiyon dolu olayları ele alır. Bazen de Gintokinin eski savaş yoldaşlarından olan ve 'Kihetai' denen bir terör örgütünün lideri olan Takasugi ile mücadele ederler.