Dünya sanayi devriminin ortasındayken, demirden bir katmanla korunan kalbi delinmedikçe yenilmesi mümkün olmayan bir canavar ortaya çıkar. Canavar, ısırığını insanlara bulaştırarak Kabane olarak bilinen saldırgan ve ölümsüz yaratıklar yaratabilir. Uzak doğuda bulunan Hinomoto adasında insanlar kendilerini bu yaratıklardan korumak için istasyonlar inşa etmişlerdir. İnsanlar, Hayajiro adı verilen buharla çalışan bir lokomotif yardımıyla istasyona erişmekte ve aralarında mal taşımaktadır. Aragane istasyonunda yaşayan ve Hayajiro'nun yapımına yardım eden bir çocuk olan Ikoma, yaratıkları yenmek için Tsuranukizutsu adlı kendi silahını yaratır. Bir gün, silahını kullanmak için bir fırsat beklerken, zorunlu Kabane teftişinden muaf tutulan Mumei adında bir kızla tanışır. Gece boyunca Ikuma, Hayajiro'nun kontrolden çıktığını gördüğü sırada Mumei ile tekrar karşılaşır. Lokomotifteki personel yaratıklara dönüşmüştür. Şimdi Kabane'nin saldırısı altında olan istasyon, İkoma'nın aradığı fırsattır.

Koutetsujou no Kabaneri

"Demir Kale'nin Kabaneri" serisindeki olaylardan yarım yıl sonra ekip Unato kalesini geri almaya çalışır.