Bir asteroit Dünya'ya doğru ilerlemektedir ve Dünya'nın yaklaşan yıkımını önlemek için ISDA, okyanusun altında bir ejderha yumurtası bulduktan sonra "Dragonaut "u yaratır. Bu silahın birincil amacı, zamanı geldiğinde asteroidi yok etmektir. Ancak çok geçmeden asteroidin tek tehdit olmadığını anlarlar, çünkü yok etmeye kararlı ejderha benzeri güçlü yaratıklar ortaya çıkar.

Ailesini bir mekik kazasında kaybeden 18 yaşındaki yalnız bir genç olan Jin Kamishina, yaratıklardan birinin işlediği bir cinayete tanık olduktan sonra ejderhaların gizemlerine dahil olur ve Dragonaut'un seçilmiş pilotu olur. Yolculuğunda ona yardım eden Toa, yaratık ona saldırdıktan sonra onu ölüme düşmekten kurtaran gizemli bir kızdır.