Bir gün, bir şehir aniden ortadan kaybolur. Profesyonel bir sözleşmeli kurye ve yalnız kurt olan Takuya, şehrin yok oluşundan kurtulan tek kişi olan Yuki ile tanışır. İkili, Yuki'nin kayıp olduğu duyulan babasından gelen bir mesaja güvenir ve kaybolan şehir Lost'a doğru yola çıkar. Ancak ikilinin önüne beklenmedik engeller çıkar ve özellikle Yuki için şok edici bir gerçekle karşılaşırlar. Önlerinde, geride kalanların duyguları, gölgelerde manipülasyon yapan gizemli bir grup ve gizli komployu ortaya çıkarmak vardır. Başlangıçta birbirlerine yabancı olan Takuya ve Yuki, yolculuk sırasında aralarındaki bağı derinleştirecek ve Kayıp Şehir'in gizemini çözeceklerdir.