Hainer liseden mezun olduktan sonra işletme eğitimi aldı. Hainer, 1979 yılında ABD'li "Procter & Gamble GmbH" grubunun Schwalbach'taki Alman iştirakine katıldı. Temizlik ürünleri ve kozmetik üreticisi için satış müdürü olarak çalıştı. 1987 yılında Adolf Dassler tarafından kurulan "adidas" şirketinde satış müdürü olarak çalışmaya başlayan Hainer, burada önce çanta, raket ve toplardan, 1989 yılından itibaren de ayakkabı ve tekstilden sorumlu oldu. Hainer 1991'den 1993'e kadar adidas'ın ulusal satış müdürü olarak görev yaptı. Hainer 1993 yılında şirketin genel müdürlüğüne terfi etti ve satış ve lojistikten sorumlu oldu. Bu görevde Hainer, yeni sahibi ve CEO'su Robert Louis-Dreyfus'un "adidas AG"'yi krizden çıkarmak ve Bernard Tapie tarafından başarısız bir şekilde devralınmasının ardından yeniden yapılandırmak için uyguladığı kapsamlı yeniden yapılandırma önlemlerinde yer aldı. 1996 yılından itibaren Avrupa, Afrika ve Orta Doğu iş bölgelerinde satış ve lojistik departmanlarından sorumlu Kıdemli Başkan Yardımcısı olarak görev yapan Hainer, bu arada evlendi. İki çocuk babası oldu. 1997 baharında Hainer, "adidas AG" yönetim kuruluna katıldı. Şirketin genişlemesi ve konsolidasyonu, spor malzemeleri üreticisi "Salomon S. A."'nın satın alınmasıyla tamamlandı. 1997 Aralık ayında yeni kurulan "adidas-Salomon AG", Avrupa'daki ilk spor malzemeleri üreticisi oldu. Dünya çapında sadece ABD şirketi "Nike" onu geride bıraktı. 1999 yılında Hainer yönetim kurulu başkan yardımcısı olarak atandı. Verimliliği artırmak için Hainer ürün yelpazesini daralttı ve satış yapılarını daha etkin hale getirdi. Ayrıca 2000 yılının ilkbaharında başlayan "adidas-Salomon" ürünlerinin online satışını ilerletti. Mart 2001'de Hainer, adidas-Salomon AG'nin başkanlığını Louis-Dreyfus'tan devraldı. Bu görevdeyken, 12 ay sonra, yönetimdeki ilk yılında pozitif bir satış dengesine işaret edebildi. adidas markasının uluslararası bir yaşam tarzı markasına dönüşmesindeki rolü nedeniyle Hainer, Kasım 2003'te "Ekonomi" kategorisinde Bambi ödülüne layık görüldü. Ekim 2004'te Hainer, adidas'ın futbol ürünleri alanında rakibi Nike ile rekabet etmek istediği ABD pazarında genişlemenin arttığını duyurdu. Ekim 2005'te adidas, kış sporları ve outdoor bölümü Salomon'u, bölümün sadece zarar etmesinin ardından 485 milyon Euro'dan fazla bir fiyata Fin Amer Sports Corporation'a sattı. Hainer 2005 yılında "Yılın Girişimcisi" ödülünü ve 2006 yılında Alman İmaj Ödülü'nü aldı. 2008 yılında Federal Liyakat Nişanı ile onurlandırıldı. 2010 yılında Yılın Yöneticisi (Manager Magazine) seçildi ve 2011 yılında Bavyera Liyakat Nişanı aldı.2016 yılının başında Hainer'in Adidas AG'deki yönetim kurulu üyeliğinden 30 Eylül 2016 tarihinde istifa edeceği açıklandı. 15 Kasım 2019 tarihinde, Uli Hoeneß'in yerine FC Bayern Münih Başkanı seçildi. Hainer ayrıca Bayerische Versicherungsbank, Lufthansa ve yönetim danışmanlığı şirketi Accenture'ın denetim kurulunda yer almaya devam etti.