Dizi Edo döneminde, eski Edo'nun (günümüz Tokyo'su) Fukagawa bölgesinde geçmektedir. Bölge yangın ve sel baskınlarına açık olduğundan, bölge sakinleri kaçarken kendilerine engel olmaması için tencere, şilte ve giysi gibi günlük eşyaları satın almak yerine dükkanlardan kiralamaktadır. Obeni ve Seiji, bir abla ve küçük erkek kardeş, Izumoya adında böyle bir kiralık dükkân işletiyorlar. Bununla birlikte, envanterleri arasında tsukumogami, yani yüz yıllık varoluşun ardından ruha dönüşen nesneler de bulunmaktadır. Kardeşler bazen bu duyarlı eşyaları müşterilere ödünç vermektedir. Hem Obeni hem de Seiji bu ruhları görebiliyor ve onlarla konuşabiliyor ve diğer tsukumogamiler de ünlü kardeşleri duyduktan sonra sık sık dükkana geliyor.

We Rent Tsukumogami

Raikage'ye suikast girişimi iddiasıyla Kan Hapishanesi olarak da bilinen Houzukijou'ya kapattılan naruto, hapishane müdürü Mui'nin Gök Hapsi tekniği ile güçlerini kaybeder. Aynı zamanda canına kastedilen naruto, masumiyetini kanıtlamaya çalışıtken, bir yandan da gerçekleri ortaya çıkaracaktır.

Naruto Shippuuden: Movie 5 - Blood Prison

Naruto, Sakura, Sai ve Yamato, Ryuumyaku'nun gücünü kullanarak bütün dünyaya hükmetmek isteyen Mukade'yi yenmek için Rouran şehrinin yıkıntılarına gider. Mukade burada, uzay-zamanda bir yarık açarak Naruto'yu geçmişin Rouran'ına götürür.  Mukade, açtığı bu yarık sayesinde Naruto'nun gittiği zamanın 6 yıl öncesine gitmiş ve Rouran'da Bakan Anrokuzan kimliğine bürünmüştür. Anrokuzan, Ruumyaku'nun gücü ile istediği kukla ordusunu kurar ve bu ordunun yapımında Rouran halkını köle gibi çalıştırır.  Naruto, Anrokuzan'ın emellerine engel olmaya çalışırken ona bu görevde geçmişin ninjaları Aburame Shibi, Akimichi Chouza ve henüz Dördüncü Hokage olmamış babası Namikaze Minato eşlik eder.

Naruto Shippuuden: Movie 4 - The Lost Tower

Hiruko adında, diğer ninjaların çakrasını emmeye yönelik bir jutsu geliştirmeye çalışan eski bir Kanoha ninjası yıllar sonra tekrar ortaya çıkar. Artık Chimera Tekniğini iyice geliştirerek Kekkei Genkai emebilecek duruma gelmiştir ve şimdi Hatake Kakashi'nin Kekkei Gankai'sini de emerek üstün ninja olmak istemektedir.  Köyünün olası bir savaşa girmemesi için tek çarenin kendini düşmana feda etmek olduğuna karar veren Kakashi, bu fikrini Tsunade'ye bildirir ve köyden ayrılır.  Ancak Naruto, böyle bir şeye izin vermeye niyetli değildir. Ne pahasına olursa olsun Kakashi'yi ve köyü kurtarmaya kararlıdır.

Naruto Shippuuden:  Movie 3 - Hi no Ishi wo Tsugu Mono

"Animenin hikayesi dördüncü dünya savaşından bir sene sonra yani 2027 yılında geçmektedir. New Port şehri savaşın ardından yaralarını sarmaya çalışırken bir patlama olayı daha yaşar. Bunun üzerine, bir ordu üyesi gelir.  Soruşturma sırasında Kamu Güvenliği Birimi’nden Daisuke Aramaki ordunun 501. Gizli Birimi’ne atanan sayborg büyücü- hacker Motoko Kusanagi ile karşılaşır. “Uyumayan bir gözü olan” adam olarak tanınan Batou Kusanagi’nin bu bombalamanın sorumlusu olduğunu düşünür. Niihama Valiliği’nden polis detektifi Togusa ise iki davayla ilgilenmektedir. Motoko 501. Gizli Birimi’nin başkanı Kurutsu ve sayborg ajanları tarafından takip edilmektedir."