Peder Gabriel (Jeremy Irons), Brezilya'nın dağlarına, hristiyanlığı yaymak için gider. Bir köleci olan Mendoza (Robert De Niro), kardeşini öldürmüş ve Peder Gabriel sayesinde intihar etmekten vazgeçmiştir. Peder, misyonunda yardım etmesi için Mendoza'yı yanına getirtir. Burada huzura kavuşan Mendoza, rahip olmak için başvurur. Baskı altında olan kilise, Portekizlilere karşı çıkamadığından, topraklarda yeniden kölecilerin olmasını da karşı koyamaz. Mendoza sözünü tutmayıp, yerlilerin kendilerini nasıl savunması gerektiğini onlara gösterir, ancak Peder Gabriel, Mendoza'nın yerlilere bir rahip olarak yardım etmesini ister.