Dr. Elena Kinder'in (Kathleen Turner) bir teorisi vardır: ona göre bütün bebekler evrenin sırlarını bilerek doğuyorlar ve kendi aralarında bebek lisanı diyebileceğimiz gizli bir lisanla konuşuyorlar. Bu kötü ruhlu Dr. Kinder, "Babyco" adındaki şirketinin merkezinde Dr. Heep (Christopher Lloyd "Geleceğe Dönüş") ile birlikte gizli bir araştırma yürütmektedir ve bu işin sırrını çözmek üzeredirler. Çok yakında inanılmaz zenginlik ve şöhret sahibi olacaklardır. Bu inanılmaz oyunu ancak Sly ile merkezdeki diğer dahi bebekler durdurabilir.

Baby Geniuses

Bebekler birbirleriyle 'bebek dili' kullanarak iletişim kurabilir ve evrenin sırları hakkında doğuştan bilgi sahibidir. Bebek dahiler, medya patronu Bill Biscane'in bir planına dahil olurlar. Dahilere yardım eden Kahuna adında efsanevi bir süper bebek, dünya nüfusunu kontrol etmek için son teknoloji ürünü bir uydu sistemi kullanmayı planlayan Biscane'i durdurmak için diğer birkaç bebekle birleşir.