Rocky, Colt ve Tum Tum adlı üç genç çocuk, komşuları bilgisayar ustası Amanda ile birlikte Mega Mountain eğlence parkını ziyaret ederken, parkı ele geçirip sahiplerinden fidye almak isteyen kötü Medusa'nın liderliğindeki bir ninja ordusu tarafından istila edilir. Çocuklar ve ninjaların ortaya çıktığı sırada parkta veda gösterisini yapan emekli TV yıldızı Dave Dragon, Medusa'nın hain planlarını bozmak zorundadır.

3 Küçük Ninja Eğleniyor

FBI ajanı Frank LaCross evine döndüğü zaman, evine zorla girildiğini oğlunun ortalıkta olmadığını ve oğlunun bakıcısı Missy'nin kanlar içinde yerde yattığını görür. Missy'i öldüren, cinayetleri iki yıl öncesine kadar giden bir seri katil olduğuna dair içinde şüpheler uyanır.