Joe Flanigan kariyerine politikada, Beyaz Saray'da yardımcı olarak çalışarak başladı. Bunu Andy Warhol'un Interview dergisinde bir süre çalıştıktan sonra New York'taki Sanford Meisner'in Neighborhood Playhouse'una yerleşmesi izledi. Kısa sürede birkaç NBC projesinde rol aldı ve sonunda Sela Ward ve Swoosie Kurtz ile birlikte NBC 'Sisters' için düzenli bir dizi olarak sözleşme imzaladı. Bunu bir başka düzenli dizi rolü izledi...... Don Bellisario's First Monday on CBS'de Charles Durning & Joe Mantegna ile başrolleri paylaştı. Daha sonra Garry Marshal'ın The Other Sister'ında Diane Keaton, Juliette Lewis ve Giovanni Ribisi ile birlikte rol aldı...... Joe'nun diğer TV kredilerinden bazıları arasında Dawson's Creek, Cupid, Providence, Profiler ve Women's Murder Club'da birden fazla yinelenen rol ve 100 bölümle uluslararası sendikasyona giren Albay John Sheppard rolünü oynayan Stargate Atlantis'in yıldızıydı.Joe, Jason Momoa'nın oynadığı Apple'ın TV şovu SEE'nin ikinci ve üçüncü sezonunda birden fazla bölümü bitirdi.