Godzilla Tahmin Ağı (GPN) adlı bağımsız bir grup araştırmacı, Godzilla Nemuro'da karaya çıkarken onu aktif olarak takip etmektedir.  Ibaragi Eyaleti'nde dev bir meteor keşfedilince işler daha da karışır. Gizemli kaya, dünya ve Godzilla için gerçek niyetleri ortaya çıktıkça havalanmaya başlar.

Godzilla 2000

Erimenin eşiğindeki yanan bir Godzilla, Hong Kong'u kuşatmak için ortaya çıkar. Aynı zamanda Japonya'da korkunç yeni organizmalar keşfedilir. Kabuklulara benzeyen bu varlıklar, görünüşe göre orijinal Godzilla'yı öldüren Oksijen Yok Edici'den doğmuştur.

Godzilla vs. Destoroyah

Mothra'nın karanlık muadili Battra, Dünya adına insanlığı ortadan kaldırmak için ortaya çıkar. Kozmos adı verilen iki küçük peri, Mothra'yı yaratıkla savaşmaya çağırarak yardım teklif eder. Ne yazık ki bir meteor kış uykusundaki Godzilla'yı uyandırmıştır ve Dünya için üçlü bir savaş başlar.

Godzilla vs. Mothra

U.N.G.C.C. (Birleşmiş Milletler Godzilla Karşı Önlem Merkezi) Mecha-King Ghidorah'ın kalıntılarını kurtarır ve Godzilla'ya karşı bir önlem olarak Mechagodzilla'yı inşa eder. Bu arada, Rodan adlı yeni bir canavarla birlikte dev bir yumurta keşfedilir. Yumurtanın kısa süre sonra bebek bir Godzillasaurus'tan başkası olmadığı anlaşılır.