Yıllar önce bir grup ninja, Mouryou adlı şeytanın gücünü kullanarak bütün dünyayı fethetmeye çalışmışlar ancak başarısız olmuşlardır. Mouryou'nun bedeni ve ruhu iki farklı tapınağa mühürlenmiştir. Ancak Yomi, Mouryou'yu tekrar dünyaya çağırır ve bedenine kavuşana kadar kendi bedenini onun hizmetine sunar.  Çok geçmeden başlayan savaşta Tsunade, Naruto'ya Shinon adlı rahibeyi koruma görevi verir. Üstelik bu görevde Sakura ve Lee ile birlikte Neiji'nin himayesinde olacaktır. Önemsiz gibi görünen bu görev aslında bütün savaşın kilit noktasıdır. Çünkü sadece rahibeler mühürleme yapabilmektedir ve Shinon geriye kalan tek rahibedir.  Mouryou kendi bedenine kavuşmadan mühürleme işlemi yapılmak zorundadır ancak bu hiçte kolay olmayacaktır.

Naruto Shippuuden:  Movie 1

İkinci Ninja Savaşı sırasında Konoha tarafından yok edilen Gökyüzü Ülkesi'nin hayatta kalan üyeleri uzun zaman sonra güçlerini arttırarak Konoha'ya saldırılar. O sırada orada bulunan gizemli doktor Shinou sayesinde birçok yaralı ölümden kurtulur. Ancak Shinou'nun öğrencisi Amaru'nun köyü tehlikededir. Bu yüzden Tsunade; Naruto'nun, Sasuke'nin ve Hitana'nın doktor ile Amaru'ya eşlik etmelerini ister.  Köye vardıklarında köyün harabeye döndüğünü görürler. Bu sırada gerçekleşen saldırı sırasında Shinoui, Amaru'yu kurtarmak için önüne atlar ve vücuduna saplanan kunailer yüzünden can verir.  Ancak kısa zaman sonra bunun bir oyun olduğu ortaya çıkar. Shinou gerçekte kimdir ve ne istemektedir?

Naruto Shippuuden:  Movie 2 - Kizuna

Conan Edogawa, Kiraz Safiri adlı bir mücevheri çaldığından şüphelenilen Üçüncü Lupin'i yakalamak için yola çıkar. (Lupin the Third vs. Detective Conan adlı TV özel programının devamı, 2009).