Gizemli bir yaratık Ay'ın %70'ini yok eder. Yaratık daha sonra, gelecek yılın Mart ayına kadar yok edilmezse sıranın Dünya'ya geleceği konusunda uyarır. Yaratık ayrıca Kunugigaoka Ortaokulu 3. sınıf E şubesinin sınıf öğretmeni olmasını talep eder. Hükümetin hayır diyecek gücü yoktur.  Bunun üzerine yaratık, Nagisa Shiota'nın da aralarında bulunduğu başarısız öğrencilerden oluşan 3. sınıf E şubesinin sınıf öğretmeni olur. Yaratığa Öğretmen Koro adı verilir.  Bu arada hükümet, süper güçlere sahip olmasına rağmen öğrencilerden Öğretmen Koro'yu öldürmeye çalışmalarını ister. Hükümet onu öldürmeyi başarana 10 milyar yen ödül vermeyi teklif eder. Öğrencilerin bu durum karşısında kafası karışır ama Öğretmen Koro'yu öldürmeye karar verirler.  Öğretmen Koro ile derse başladıklarında, öğrenciler kendilerini yeni öğretmenleriyle iyi vakit geçirirken bulurlar.

Assassination Classroom

Hikaye, öğrencilerin kendi çatışmaları, Koro Sensei'nin kimliği ve dünyanın kaderi ile devam ediyor. Suikast için zaman sınırı yaklaşıyor.