2199 yılında, Gamilonların Dünya'yı istila etmeye başlamasından beş yıl sonra, gezegen uzaylıların bombalarıyla harap olmuştur. İnsanlığın kalıntıları ışınlanmış yüzeyden kaçmak için yeraltına kaçmıştır. Bir gün eski pilot Susumu Kodai, Iscandar gezegeninden gönderilen ve Dünya yüzeyindeki radyasyonu yok edebilecek bir cihazdan bahseden bir kapsül keşfeder. Dünya Savunma Gücü, Dünya'yı kurtarma umuduyla Iscandar'a 148.000 ışık yılı sürecek bir yolculuk yapmak üzere Yamato zırhlısını yeni bir tür itiş sistemiyle yeniden inşa eder. Bir yıl içinde radyasyon insanlığın geri kalanını yok olmaya sürükleyecektir.