Konoha yıllar önce efsanevi dokuz kuyruklu tilki, kyuubi tarafından saldırıya uğramış, saldırı o dönemin hokakesi, yondaime tarafından ölümüne durdurulmuş, efsanevi dokuz kuyruklu tilki ise yeni doğmuş, kundağında yapayanlız ve hayatının geri kalanının uzun bir sürecinde de aynı yanlızlığa mahkum olan sapsarı bir bebeğin bedenine hapsedilmiştir. Aradan yıllar geçer, Naruto isimli bu bebek büyür ve Ateş Ulusunun bir ninja köyü olan Konoha'nın baş belası olup çıkar. Şimdi bu baş belasının öğretmenlerine, arkadaşlarına ve dünyaya kendisini sevdirmesini izleme, köyün koruyucusu, ninja ulusunun seçkin ninjalarından bir tanesi, köyün hokagesi olma çabasına tanık olma zamanıdır.Gel gelelim adil olmayan dünyanın Naruto'da bırakacağı izler çok farklı olacaktır.Bir çok olay yaşayan Naruto, hocası Jaraiya'nın eşliğinde çıktığı eğitim yolculuğundan döndüğünde aradan 2,5 yıl geçmiş ve yüreğini dağlayan o acılar daha hissedilir olmaya, köyün üzerinde ise kara bulutlar toplanmaya başlamıştır