Devasa bir sualtı volkanı patlar ve bir grup araştırmacı bilim insanını tehlikeye atar. Kaptan McKenzie komutasındaki Alfa adlı atomik bir süper denizaltı tarafından kurtarılırlar. Grup hızlı bir şekilde Latitude Zero olarak bilinen, fantastik, Atlantis tipi bir ütopya olan, okyanusun altında kendi güneşi olan geniş bir sualtı şehrine götürülür. Çok geçmeden Kaptan McKenzie'nin, insanlar ve hayvanlar üzerinde genetik deneyler yaparken bir yandan da insanlığı yönetmek isteyen zalim bir bilim adamı olan kötü kalpli Dr. Malic ile savaş halinde olduğu anlaşılır. Malic, ajanlarını, radyasyona maruz kalmayı bağışık hale getirebilecek bir serum yaratan insan bilim adamı Dr. Okada'yı kaçırmaları için gönderir.