Beşinci Kutsal Kase Savaşı devam eder ve ortaya çıkan kaos, tüm katılımcılar için daha yüksek risklerle sonuçlanır. Shirou Emiya, herkesi kurtaran bir adalet kahramanı olmayı arzulayarak savaşa katılmaya devam ediyor. Gizemli bir karanlık gölgenin ve onun cinayet çılgınlığının ardındaki gerçeği aramaya koyulur ve onu yenmeye kararlıdır.  Bu arada Shinji Matou, kız kardeşi Sakura Matou aracılığıyla Shirou'yu tehdit ederek kendi planlarını harekete geçirir. Shirou ve Rin Tohsaka, Sakura'yı kardeşinin tacizlerinden kurtarmayı umarak Shinji ile savaşır. Ancak Matou kardeşlerin çirkin gerçeği su yüzüne çıkmaya başlar ve birçok karanlık sır açığa çıkar.