Ash ve arkadaşları Savaş Sınırı'ndan geçerken, görevi Manaphy'nin yumurtasını okyanus tabanındaki bir tapınağa götürmek olan bir Pokémon Korucusu ile karşılaşırlar. Ancak açgözlü bir korsan Manaphy'nin gücünün kendisine ait olmasını istemektedir.

Pokemon: Koruyucu Pokemon ve Deniz Tapınağı

Nobita, Doraemon'dan Moshimo-box'ı ister ve dünyanın büyü kullanımının mümkün olduğu bir yer haline gelmesini diler. Büyücülük, bilim ve teknolojinin yerini alır ve herkes günlük hayatında büyüyü kullanır, her zamanki gibi büyü yapma konusunda pek iyi olmayan Nobita hariç. Hayal kırıklığına uğrayan Nobita, her şeyi eski haline döndürmeyi planlamaktadır, ancak annesi Moshimo kutusunu atmıştır.