Son Vadi'de Sasuke ile ayrıldıktan sonra, Uzumaki Naruto eğitimini ilerletmek için Konohagakure köyünden uzak kalmıştır. İki buçuk yıl sonra nihayet köye döner ve Kakashi Takımındaki görevini alır, ardından Orochimaru ile ilgili ipucunu bulur. Naruto takıma liderlik eder ve arkadaşı Sasuke'yi kurtarmak için Orochimaru'nun bulunduğu yere gider. Ancak, "Akatsuki "nin vücuduna mühürlenmiş Dokuz Kuyruklu'yu ele geçirmek için onun hayatının peşinde olduğunu çok az bilmektedir.