Sanjay Khanna'nın beyazperdeyle ilişkisi, uluslararası üne sahip yönetmen Shekhar Kapur'a fantastik film 'Mr. India'da yardımcı olmasıyla başladı; filmin tüm çekimlerini ve yapım öncesinden yapım sonrasına kadar tüm süreçlerini yönetti. Shekhar Kapur 'Haydut Kraliçe' ile ilgilenmeye başlayınca Sanjay Khanna'yı Sunny Deol & Manisha Koirala'nın rol aldığı 'Dushmani' filmini tamamlaması için Yönetmen olarak atadı. Sanjay daha sonra Shekhar Kapur'un Quasar Films şirketinin COO'su ve onun tarafından üretilen ve yönetilen tüm reklam filmlerinin Yardımcı Yönetmeni oldu. İlk filmi 'Anth' ile ironik bir şekilde (Hintçe Anth 'son' anlamına gelir) Sanjay Khanna, başrollerini Sunil Shetty, Somy Ali ve Paresh Rawal'ın paylaştığı ilk yönetmenlik denemesine başladı. Film gişede Gümüş Jübile yaptı ve aynı yıl 'En İyi Aksiyon Filmi' dalında Filmfare Ödülü'nü kazandı. Sanjay Khanna'nın bir sonraki filmi 'Shastra' oldu ve en çok 'Kya Ada Kya Jalwe Tere Paro' şarkısıyla hatırlandı ve neredeyse bir yıl boyunca listelerin zirvesinde kalarak bir Chartbuster oldu. Bu film, günümüzün başarılı şarkıcısı Sunidhi Chauhan ve yazar Yunus Sejawal'ın ilk çıkışları oldu. Ardından bir aksiyon-komedi 'Ittefaq' ve bir gerilim 'Junoon' filmini yönetti. Gümüş Ekran Sanjay Khanna'ya doyamamışken, o Küçük Ekran'ın durgun sularını test etmeye başladı. İşte o zaman yönetmenlik yaptı, Sahara One için - dijital sinemalar ve denizaşırı pazar için dar bütçeli bir film olan psikolojik gerilim 'Katputtli.Sanjay televizyona adım attı ve Star TV, Zee TV, Sony TV, Sahara One gibi çeşitli kanallar için yüzlerce bölüm yönetti. Ayrıca Sony TV için Vikram Bhatt'a 'Specials at 10: Shauhrat Nafrat Aur Showbiz' adında bir yönetmen özel programı yaptı. Bu mini dizi Seul Festivali'nde 'en iyi dizi' kategorisinde aday gösterildi; birçok TV Ödülü kazandı. Sanjay Khanna daha sonra Suniel Shetty'nin şirketi Popcorn Entertainment'a Kreatif Direktör olarak katıldı ve burada Popcorn Ent. tarafından üretilen tüm filmleri yaratıcı bir şekilde yürüttü ve ayrıca Sanjay Dutt, Arjun Rampal ve Mallaika Arora Khan'ın oynadığı EMI için şarkılar çekti. Govinda ve Suniel Shetty'nin rol aldığı 'Loot' filminin aksiyon sahnelerini bile çekti. Daha sonra Dubai merkezli bir reklam ajansı olan Spectrum 7'de Kreatif Direktör olarak çalıştı ve burada birçok Uluslararası Reklam Filmi ve Kurumsal Film çekti.