Papaz Yardımcısı, papazlık eğitiminin son dönemindeki gizli bir eşcinsel öğrenci olan Ryan'ın hikâyesidir. Okulunun eşcinselliğe karşı düşmanca tutumuna rağmen, Ryan'ın gizlice sırlarını paylaştığı iki eşcinsel sınıf arkadaşı vardır: Gerald ve Anthony. Ayrıca Ryan, cinsel yöneliminden habersiz olan dindar annesine de yakındır. Ryan'ın hayallerindeki üniversitede doktora çalışmasına devam edebilmesi için sağlam bir teoloji tezini tamamlaması gerekmektedir. 'Aşkın İlahi Armağanı' adlı tezi üzerinde çalışırken, Ryan internette tanıştığı ve sürekli olarak kendini adayamayan Bradley ile bir ilişkiye başlar. Ryan, Gerald ve Anthony'ye sırlarını açar, ancak onların da romantik mücadelelerini öğrenir. Sonuç olarak Ryan, Tanrı'nın aşk armağanı hakkındaki görüşlerini sorgular.