Alternatif bir gerçeklikte Japonya, İkinci Dünya Savaşı sonunda Kuzey ve Güney olmak üzere ikiye bölümüştür. Honshū, Kyūshū ve Shikoku adaları Amerika Birleşik Devletlerinin, Hokkaidō ise Birliğin kontrolü altındadır. Birlik 1974 yılından itibaren Hokkaidō'da inanılmaz yüksekliğe sahip bir kule inşa etmeye başlar. Kulenin yüksekliği o kadar fazladır ki Tokyo'dan bile görülebilmektedir. 1990 yılında Amerika Birleşik Devletleri'nin Güney'den çekilmesinin ardından iki ülke müttefik olarak kalır. Ancak Kuzey'deki Birlik varlığı devam etmektedir ve Kuzey, Güney arasındaki sınır gerginlikleri güncelliklerini korumaktadır. Bu esnada Uilta isimli bir yeraltı örgütü Japonya'yı tekrar bir araya getirmek üzere Birlik sınırında çeşitli eylemler gerçekleştirmektedir.

Kulenin Gizemi

Taking place one year before the events of the original Macross series, Macross Zero chronicles the final days of the war between the U.N. Spacy and anti-U.N. factions. After being shot down by the anti-U.N.'s newest fighter plane, ace pilot Shin Kudo finds himself on the remote island of Mayan, where technology is almost non-existent. While Shin stays on the island to heal his wounds, the tranquility of the island is shattered by a battle that involves the UN's newest fighter - the VF-0.

Macross Zero

In the heart of Italy, the Social Welfare Agency rescues young girls from hospital beds and gives them a second chance at life using the latest in cybernetic advancements. With their artificially enhanced bodies, the girls are brainwashed and trained as assassins to carry out the dirty work of the Italian Government. Despite all the modifications, they are still just children at heart, struggling for recognition from those they love, even knowing the love they feel is manufactured. This tragic tale unfolds as these girls grapple with their emotions in an agency that treats them as nothing but ruthless killers.