Umbrella Şirketi' nin yol açtığı virüs felaketi Umbrella' nın gizli sığınaklarından Raccoon City' yeyayılmıştı. İkinci filmde alan genişliyor ve tüm şehir virüslü insanlarla doluyor. Kahramanımız Alice Umbrella Şirketi tarafından yapılan deneyler sonucu insanüstü güçlerle donatılmıştır. Alice' le birlikte virüsten etkilenmeyen bir kısım insanda onunla birlikte mücadeleye girerler. Bu insanların arasında Umbrellanın özel ekibi S.T.A.R.S' ın bir üyesi olan Jill Valentine ve bu ekibin lideri olan Carlos Oliveira (Oded Fehr) gibi donanımlı kişilerde bulunmaktadır. Bu grup bir yandan tüm şehre yayılmış virüslü yaratıklarla uğraşırken bir yandanda Umbrella'nın yarattığı ikinci felaket olan Nemesis'le(Matthew G. Taylor) mücadele etmek zorunda kalırlar. Bu cehennemden kurtuluşlarının tek yolu ise Umbrella'ya bağlı bilimadamı Doktor Ashford'a güvenmek ve kızınıona sağ olarak ulaştırmaktır.