Gazze'ye insani yardım malzemeleri götürmeye çalışan gemilere yapılan kanlı baskın üzerine Polat Alemdar ve arkadaşları Filistin'e gitmiştir. Yapılacaklar bellidir: Bu baskının askeri planlayıcısı ve yürütücüsü olan İsrailli komutan ele geçirilmelidir. Filistinlilerle kurulan ilk temaslar sayesinde hedefine adım adım yaklaşmaya çalışan Polat Alemdar'ı bazı sürprizler beklemektedir. Hedeflerindeki kişi olan Moşe Ben Eliezer'in kural tanımaz gaddarlığı ve teknolojik imkânları işleri zorlaştırmaktadır. Polat, Moşe'ye ulaşmaya çalışırken Filistin'de masum insanların nasıl öldürüldüklerini görür. Moşe, köyleri yıkmakta, çocukları öldürmekte ve Polat'a yardım eden herkesi hapse atmaktadır.

Kurtlar Vadisi: Filistin

Amerika bölgede "son sözü" söyleyen tek güç olmak hedefindedir. Onlara göre bölgede artık Türklere yer yoktur. O gün on bir asker, başlarına çuval geçirilerek halkın gözlerinin önünde, askerlik onurları hiçe sayılarak sınır dışı edilirler. Filmde her şey buraya kadar gerçekleri anlatıyor. Gerçekler üstüne kurulan hikayede Süleyman Aslan, o on bir kişiden biridir. Vaktiyle aşağılanarak teslim olmayı onuruna yediremeyen Üsteğmen Süleyman geride bir mektup bırakıp intihar eder. Mektup Polat Alemdar'a yazılmıştır. Polat Alemdar, çok özel olarak yetiştirilmiş bir Türk istihbaratçısıdır. Devlet adına çalışan gizli bir servisin, yurt içi ve yurt dışı sayısız operasyonuna katılmıştır. Hayatta hep görevleri için yaşayan Polat Alemdar, görevi uğruna intihar eden arkadaşının vasiyetine kayıtsız kalamaz. O, artık adamları ile birlikte Kuzey Irak'tadır, gerekirse ölmek için.