Genç bir kız olan Cry Baby, oldukça rahatsız edici olan bir yatılı okula gönderilir. Öğrencilerin zihinleri, okul yönetimi tarafından kontrol altında tutulmaktadır. Güçlü ve hassas bir kız olan Cry, okuldaki öğrencilerin zorbalıklarına maruz kalır. Okulda zor zamanlar geçiren Cry’ın bu süreçteki en büyük destekçileri her zaman yanında olan arkadaşları olur. Okuldaki bu baskıcı ortama son vermek isteyen Cry, tanıştığı sihirli dostlarının da yardımıyla zorlu bir mücadeleye girişir.