Kyushu'nun sakin bir kasabasında yaşayan 17 yaşındaki Suzume, yolda "bir kapı arayan" genç bir adamla tanışır. Suzume adamı dağlardaki harap bir binaya kadar takip eder ve yıkımdan kurtulmuş gibi bağımsız, bozulmamış duran bir kapı bulur. Suzume görünmez bir güç tarafından çekildiğini hisseder ve kapıya uzanır. Çok geçmeden Japonya'nın her yerindeki kapılar ardı ardına açılmaya başlar. Ancak açılan kapılar, diğer tarafta yer alan felaketi engellemek için kapatılmalıdır. Böylece gizemli kapıların çağırdığı Suzume'nin "kapıları kapatma yolculuğu" başlar.