Sonunda kimliğini ve duygularını Lois Lane'e açıklamak üzere olan Süpermen, güçlü bir bilgisayar olan Brainiac evrensel tahakküme eğildiğinde ve Lex Luthor onu yenmek için bir araya geldiğinde aniden güçlü ellerini dolu bulur. Yeni silahlarla ve vücuduna aşılanmış özel bir kriptonit türüyle donanan Brainiac, The Man of Steel'in şimdiye kadar karşılaştığı en güçlü düşman olur. Lois Lane, kendisi için tasarlanmış bir güç ışını tarafından kritik bir şekilde yaralandığında, Superman bir tedavi bulmak için gizemli Phantom Zone'a girmek zorundadır. Superman'in öldüğüne inanan Brainiac, Lex Luthor'a ihanet eder ve Metropolis şehrine ve nihayetinde Dünya'ya saldırmaya başlar. Superman, ölümcül düşmanlarını yenmek, Lois ve Metropolis'i kurtarmak için Phantom Zone'da hayatta kalacak mı?