Dünyanın yok olacağını haber veren bir Okinawa kehaneti, Godzilla'nın yıkıcı köklerine dönmek için ortaya çıkmasıyla gerçekleşmiş gibi görünüyor. Ancak Godzilla müttefiki Anguirus'un çenesini kırdıktan sonra her şey göründüğü gibi değildir. İkinci bir Godzilla'nın ortaya çıkması ve doppelgänger'in mekanik bir silah olduğunun ortaya çıkmasıyla işler daha da karışır.