Jun Fukuda, Nihon Üniversitesi Sanat Fakültesi'ne gitmeden önce çocukluğunu Mançurya'da geçirdi. İlgi alanları onu film yapımcılığına yönlendirecek ve 1946 yılında Toho'ya yönetmen yardımcısı olarak katılacaktır. Yönetmen yardımcılığı yaptığı dönemde Hiroshi Inagaki ve Ishirô Honda gibi yönetmenlerle çalışacak ve Sora no daikaijû Radon (1956) ile özel efekt film yapımcılığında ilk çalışmasını yapacaktı. Tam teşekküllü bir yönetmen olarak kariyeri 1959'da yükselişe geçecektir. İlk çalışmaları daha çok gizeme yönelikti ama 1960'ların ortalarında daha aksiyon ve komedi merkezli işlere yönelmeye başladı. Bu sıralarda Toho, Fukuda'ya bir Godzilla filmi yönetme fırsatı verdi. Ebirah Canavarlar Adası (1966) ile başlayan Fukuda, Ishiro Honda'dan sonra özel efekt filmleri için Toho'nun başvurduğu yönetmen olacaktı. Fukuda'nın filmleri, serinin bestecisi Akira Ifukube'nin yerine Masaru Satô'yu seçmesiyle özgün bir kimlik kazanacaktı. Filmleri renkli karakterler ve canlı aksiyonlarla dolu olacak ve film yapımcılığındaki ustalığını gösterecekti. Kariyeri boyunca beş Godzilla filminin yanı sıra casusluk filmleri ve komediler de yönetecekti. Ayrıca The Invisible Man ve Invisible Man vs. the Human Torch filmlerinin henüz yayınlanmamış senaryolarını da yazdı. Fukuda'nın eserlerini küçümsediği bilinse de, son yıllarında hayranları ona mektuplar ve mesajlar gönderdiğinden, eserlerinin insanlar için ne ifade ettiğine dair bir anlayış geliştirmiş gibi görünüyordu. Fukuda 3 Aralık 2000'de 77 yaşında akciğer kanserinden hayata veda edecekti.