Miami, Florida açıklarındaki bir okyanus platformunda batık bir Rus nükleer denizaltısını çıkarmaya çalışan bir grup bilim insanı, deniz tabanından antik bir Atlantis kalıntısı çıkarır ve bunu anlamlandırmak için bir uzman getirir. Ancak denizaltıyı kaldırmaya çalışırken, füzelerinden kaynaklanan radyoaktif sızıntı Atlantis'in yeniden ortaya çıkışını tetikler ve bunun sonucunda oluşan gelgit dalgası platformu yok eder ve geriye sadece küçük bir grup hayatta kalan bırakır. Son işlerinden sonra dinlenmeye çıkan iki Vietnam gazisi tarafından kurtarılan bu kişilerin teknesi sonunda yakınlardaki bir Karayip adasında karaya oturur ve karaya çıktıklarında her şeyin yok edildiğini ve herkesin öldürüldüğünü görürler. Suçlular, iyi silahlanmış acımasız bir grup akıncı ve liderleri Kristal Kafatası, Atlantis'in orijinal ırkının torunlarıdır ve dünyayı geri almaya ve hayatta kalmak, akıncıları yenmek ve Atlantis'i okyanus tabanına geri göndermek için mücadele ederken hayatta kalanları kurban listesine eklemeye başlarlar.