Gael García Bernal, Guadalajara'da oyuncu/model Patricia Bernal ve oyuncu/yönetmen José Ángel García'nın çocuğu olarak dünyaya geldi. Üvey babası görüntü yönetmeni Sergio Yazbek'tir. Oyunculuk kariyerine çocukken ailesiyle birlikte çeşitli oyunlarda çalışarak başladı. 14 yaşındayken El abuelo y yo (1992) adlı bir pembe dizide rol aldı. Film okulu alıştırmalarında ve De tripas, corazón (1996) gibi kısa filmlerde rol aldı, Antonio Urrutia & tarafından yönetilen film; En İyi Kısa Film dalında Akademi Ödülü'ne aday gösterildi. Ayrıca El ojo en la nuca (2001) adlı filmde de rol aldı. Rodrigo Plá tarafından yönetilen kısa film. Londra'daki Central School of Speech & Drama'da oyunculuk eğitimi aldı. Paramparça Aşklar Köpekler (2000) ilk uzun metrajlı filmi oldu, ardından Ananı Da! (2001), Alfonso Cuarón tarafından yönetildi; Emmanuel Lubezki tarafından filme alındı.