Japonya'da doğan Makoto Iwamatsu, 1941 yılında Japonya ve ABD savaşa girdiğinde, anne ve babası Amerika Birleşik Devletleri'nde sanat eğitimi alırken, büyükanne ve büyükbabasıyla birlikte orada yaşıyordu. Anne ve babası ABD'de kalarak Savaş Enformasyon Ofisi'nde çalışmaya başladılar ve savaşın sona ermesiyle birlikte Kongre tarafından ABD'de oturma izni verildi. 1941 yılında Makoto Iwamatsu, New York'ta anne ve babasına katıldı ve mimarlık eğitimi aldı. 1950'lerin başında ABD Ordusu'na girdi ve askeri personel için düzenlenen gösterilerde rol alarak tiyatroya olan yeteneğini ve sevgisini keşfetti. Mimar olma planlarından vazgeçti ve bunun yerine ünlü Pasadena Community Playhouse'a kaydoldu. Buradaki eğitiminin ardından birçok sahne yapımında ve televizyonda rol aldı. 1966'da Macera Gemisi (1966) filmindeki amele "Po-Han" rolüyle ilk filmindeki rolüyle En İyi Yardımcı Erkek Oyuncu dalında Akademi Ödülü adaylığı kazandı. Broadway'de Stephen Sondheim'ın "Pacific Overtures" oyununda başrolde yer aldı ve Los Angeles'ta büyük beğeni toplayan East-West Players tiyatro topluluğunun kurucularından biri oldu ve sanat yönetmenliğini yaptı.21 Temmuz 2006'da kanserle uzun süren bir savaşın ardından 72 yaşında hayata veda etti. Mako'yu eşi Shizuko Hoshi (M*A*S*H (1972) dizisinde başrol oynamıştır), çocukları ve torunları yalnız bırakmamıştır.