Sean Patrick Hayes, Chicago'nun banliyösü Glen Ellyn, Illinois'de doğdu ve büyüdü. Litograf olan babası Ronald, Sean küçük bir çocukken ailesini terk etti. Bir gıda bankasında çalışan annesi Mary, Sean ve dört kardeşini tek başına büyüttü. Sean, beş yıl boyunca klasik piyanist ve bir pop grubunun üyesi olarak kendini geçindirirken, performans ve orkestra şefliği alanlarında uzmanlaştığı Illinois Eyalet Üniversitesi'ne devam etti. Üniversite sonrası profesyonel kariyerine Chicago tiyatrosunda başladı, birkaç yıl boyunca Pheasant Run Theatre'da müzik direktörü olarak çalıştı ve çeşitli yapımlarda sahneye çıktı. Chicago'nun ünlü Second City doğaçlama komedi grubunun bir mezunu olan Hayes, Los Angeles'taki The Comedy Club'da stand-up komedyen olarak sahne aldı. Chicago'dayken televizyon dizilerinde ve John Updike'ın bir öyküsünden uyarlanan A&P (1996) adlı televizyon filminde rol alan Hayes, 2001 yılında kendisine Emmy Ödülü kazandıran rolü - Jack McFarland - NBC'nin hit komedi dizisi Will & Grace'de (1998) üstlendi. Ayrıca bir SAG Ödülü, bir Amerikan Komedi Ödülü ve bir TV Guide Ödülü'nün yanı sıra iki Altın Küre Adaylığı ile onurlandırıldı. Hayes ilk uzun metrajlı filmini 1998 yılında Sundance Film Festivali'nde büyük beğeni toplayan Billy's Hollywood Screen Kiss (1998) adlı art-house hit filmin başrolünde oynadı. Ayrıca Warner Bros Stüdyoları için gişe rekorları kıran Kediler ve köpekler (2001) filminde başrol oynamıştır.İrlanda asıllı Sean Hayes, uzun süredir erkek arkadaşı olan ve Kasım 2014 itibariyle eşi olan Los Angeles'lı müzik yapımcısı Scott Icenogle ile birlikte Los Angeles'ta yaşamaktadır.