Bir MSDF denizaltısı bir ABD nükleer denizaltısıyla çarpışır ve komutanı Shiro Kaieda da dahil olmak üzere gemideki 76 kişinin tamamı ezilir. Ancak mürettebat hayatta kalır. Kaza, MSDF denizaltısının mürettebatını Japon ve ABD hükümetleri tarafından gizlice inşa edilen bir nükleer denizaltı olan Seabat'a bindirmek için uydurulmuş bir hikâyedir. Ancak Kaieda Seabat'ı nükleer füzelerle yükler ve aniden isyan ederek kaçar.

The Silent Service

Son Vadi'de Sasuke ile ayrıldıktan sonra, Uzumaki Naruto eğitimini ilerletmek için Konohagakure köyünden uzak kalmıştır. İki buçuk yıl sonra nihayet köye döner ve Kakashi Takımındaki görevini alır, ardından Orochimaru ile ilgili ipucunu bulur. Naruto takıma liderlik eder ve arkadaşı Sasuke'yi kurtarmak için Orochimaru'nun bulunduğu yere gider. Ancak, "Akatsuki "nin vücuduna mühürlenmiş Dokuz Kuyruklu'yu ele geçirmek için onun hayatının peşinde olduğunu çok az bilmektedir.