Bir önceki Godzilla saldırısından sonra, onun hücrelerini toplamak için minyatür bir silahlanma yarışı başlar. Godzilla'nın olası geri dönüşünden endişe duyan Japon hükümeti, hücreleri yeni bir biyolojik silah olan ANEB'i (Anti-Nükleer Enerji Bakterisi) yaratmak için kullanır. Deneyleri yeni bir mutasyonla sonuçlanan genetikçi Genshiro Shiragami'den yardım isterler.

Godzilla vs. Biollante

Mothra'nın karanlık muadili Battra, Dünya adına insanlığı ortadan kaldırmak için ortaya çıkar. Kozmos adı verilen iki küçük peri, Mothra'yı yaratıkla savaşmaya çağırarak yardım teklif eder. Ne yazık ki bir meteor kış uykusundaki Godzilla'yı uyandırmıştır ve Dünya için üçlü bir savaş başlar.

Godzilla vs. Mothra

Japon Öz Savunma Gücü askerlerinden oluşan bir filo, kendilerini zaman içinde, rakip samuray klanlarının en yüce Shogun olmak için mücadele ettiği, ülkelerinin savaşan devletler dönemine ışınlanmış bulur.