Bir önceki Godzilla saldırısından sonra, onun hücrelerini toplamak için minyatür bir silahlanma yarışı başlar. Godzilla'nın olası geri dönüşünden endişe duyan Japon hükümeti, hücreleri yeni bir biyolojik silah olan ANEB'i (Anti-Nükleer Enerji Bakterisi) yaratmak için kullanır. Deneyleri yeni bir mutasyonla sonuçlanan genetikçi Genshiro Shiragami'den yardım isterler.