Bir önceki Godzilla saldırısından sonra, onun hücrelerini toplamak için minyatür bir silahlanma yarışı başlar. Godzilla'nın olası geri dönüşünden endişe duyan Japon hükümeti, hücreleri yeni bir biyolojik silah olan ANEB'i (Anti-Nükleer Enerji Bakterisi) yaratmak için kullanır. Deneyleri yeni bir mutasyonla sonuçlanan genetikçi Genshiro Shiragami'den yardım isterler.

Godzilla vs. Biollante

23'üncü yüzyıldan gelen zaman yolcuları Futurianlar, Godzilla'nın ülkeyi yok edeceği konusunda uyarmak için Japonya'ya gelirler. Godzilla'nın yaratılmasını engelleyerek tarihten silinmesine yardım etmeyi teklif ederler. Godzilla'nın görünüşte yok olmasıyla, Futurianların gerçek niyetleri ortaya çıkarken yeni bir canavar ortaya çıkar.