Mothra'nın karanlık muadili Battra, Dünya adına insanlığı ortadan kaldırmak için ortaya çıkar. Kozmos adı verilen iki küçük peri, Mothra'yı yaratıkla savaşmaya çağırarak yardım teklif eder. Ne yazık ki bir meteor kış uykusundaki Godzilla'yı uyandırmıştır ve Dünya için üçlü bir savaş başlar.

Godzilla vs. Mothra

Godzilla'ya benzeyen gizemli bir dünya dışı varlık hızla Dünya'ya yaklaşmaktadır. SpaceGodzilla olarak adlandırılan canavar, Canavarlar Kralı'na meydan okumak için iniş yapar.

Godzilla vs. SpaceGodzilla

U.N.G.C.C. (Birleşmiş Milletler Godzilla Karşı Önlem Merkezi) Mecha-King Ghidorah'ın kalıntılarını kurtarır ve Godzilla'ya karşı bir önlem olarak Mechagodzilla'yı inşa eder. Bu arada, Rodan adlı yeni bir canavarla birlikte dev bir yumurta keşfedilir. Yumurtanın kısa süre sonra bebek bir Godzillasaurus'tan başkası olmadığı anlaşılır.