Issız olduğu düşünülen Bebek Adası'nda bulunan gemi enkazından kurtulanlar, bilimsel bir keşif gezisine yol açar ve bu keşif gezisi, adanın efsanevi tanrısı Mothra'nın minik ikiz peri rahibeleri Shobijin ile birlikte hayatta kalan bir yerli nüfusu keşfeder. Periler Clark Nelson adlı sömürücü bir işadamı tarafından kaçırıldıktan sonra, Mothra onları kurtarmak için yola çıkar.

Mothra

1976 yılında, Gorath adında sürüklenen bir yıldızın Dünya ile çarpışma rotasında olduğu keşfedilir. Dünya'dan daha küçük olmasına rağmen, muazzam kütlesi gezegeni tamamen yok etmeye yeter. Gorath'ı gözlemlemek için gönderilen bir görev, geminin yıldızın içine çekilmesinin ardından yok edilir ve daha sonraki bir görev de aynı kaderden kıl payı kurtulur. Ancak Astronot Tatsuma Kanai ölüme yakın deneyimi nedeniyle katatonik bir durumda kalır. İstilacı yıldızı yok edemeyen Dünya'nın bilim insanları, çok geç olmadan gezegeni Gorath'ın yolundan çıkarmak için Güney Kutbu'nda dev roketler inşa etmek üzere umutsuz bir plan yaparlar.