Madoka'nın evreni yeniden yazmasının, kendini ve mutlu normal günlerini feda ederek tüm sihirli kızları cadıları varoluştan silerek onları bekleyen zalim kaderden kurtarmasının ardından, umutsuzluk hala kabus olarak bilinen yaratıklara dönüşmektedir. Sihirli kız Homura Akemi, Madoka'nın yeniden gülümsediğini görebilme umuduyla tek başına savaşmaya devam ediyor.

Puella Magi Madoka Magica the Movie Part III: Rebellion

Sıradan bir ortaokul öğrencisi olan Madoka Kaname ve en yakın arkadaşı Sayaka Miki'ye, gizemli Kyubey tarafından istedikleri dileğin gerçekleşmesi ve sihirli kız olup cadılarla savaşmaları için bir şans verilir. Ancak diğer sihirli kız Homura Akemi, Madoka'nın sihirli kız olmasını ne pahasına olursa olsun engellemeye niyetli görünmektedir. Puella Magi Madoka Magica the Movie Part I: Beginnings, TV anime serisinin ilk yarısının yeniden anlatımıdır.