Sıradan bir ortaokul öğrencisi olan Madoka Kaname ve en yakın arkadaşı Sayaka Miki'ye, gizemli Kyubey tarafından istedikleri dileğin gerçekleşmesi ve sihirli kız olup cadılarla savaşmaları için bir şans verilir. Ancak diğer sihirli kız Homura Akemi, Madoka'nın sihirli kız olmasını ne pahasına olursa olsun engellemeye niyetli görünmektedir. Puella Magi Madoka Magica the Movie Part I: Beginnings, TV anime serisinin ilk yarısının yeniden anlatımıdır.

Puella Magi Madoka Magica the Movie Part I: Beginnings

Genç kızlar sihirli bir kızın acımasız kaderi hakkındaki gerçeği keşfettikçe, sihirli kızlar birbiri ardına yok edilir. Tüm bunlar olurken tek başına savaşmaya devam eden bir sihirli kız vardır: Homura Akemi. Puella Magi Madoka Magica the Movie Part II: Eternal, TV anime serisinin ikinci yarısının yeniden anlatımıdır.