Bu çağda insanlık iki alt türe dönüşmüştür: Dünya'da yaşayan Doğallar ve yörünge kolonilerinde yaşayan uzayın zorluklarına dayanabilen genetik olarak geliştirilmiş insanlar olan Koordinatörler. Hikaye, tarafsız bir uzay kolonisinin Koordinatörler tarafından işgal edilmesinin ardından iki ırk arasındaki savaşa dahil olan genç Koordinatör Kira Yamato'nun etrafında dönüyor.

Mobile Suit Gundam SEED

Orijinal Mobile Suit Gundam SEED'den iki yıl sonra, ZAFT normal insan ırkı olan Naturals'a karşı başka bir savaşa girmek üzereyken geçen dizi, ZAFT'tan bir asker olan Shinn Asuka'ya ve geri dönen çeşitli karakterlerin savaşa katılımına odaklanıyor.

Mobile Suit Gundam Seed Destiny

Lacus Clyne bir barış izleme örgütünün başkanı olur, ancak işler pek de göründüğü gibi değildir.