Hikaye Sara'nın, Christina Scofield'ı öldürmek suçundan Michael ile olan düğün töreninde tutklanmasıyla başlar. Kadın cezaevinde bazı yeni karakterler göze çarpmakla birlikte Gretchen Morgan'da hapishanede görülmüştür.Kadınlar hapishanesinin yanında aynı zamanda erkekler hapishanesi de bulunmaktadır ki bu erkekler hapishanesinde General Jonathan Krantz (Leon Russom) ve Theodore "T-Bag" Bagwell (Robert Knepper) bulunmaktadır. Sara'nın hapishanede olduğu haberini alan Krantz, onun kafası için 100.000 $ ödül koyar. Hatta Sara zehirlenir fakat tıbbi müdahale ile kurtatılır.